古来縄文時代からある日本独自の調味料である。
奈良時代にはすでに文献にも味噌の原型と思われる未醤が確認でき、平安京の西市には未醤屋の存在が記録されている。このように古来より定着している食物といえる。未醤は現在でいうところの豆味噌系であったと推定され、麹が多用されるのは、後世の事であった。また、平安時代に書かれた書籍にも雑炊の味付けに味噌を用いた事が書かれている。
かつては各家庭で作られており、「手前みそ」という表現が生まれた。室町時代になると、各地で味噌が発達し、調味料というよりは保存食として用いられるようになった。戦国時代には兵糧として重宝され、兵士の貴重な栄養源になっていた。その名残は、朴葉味噌などに残っている。各地の戦国武将にも味噌作りは大事な経済政策の1つとして見られるようになった。現在のように調味料として認識されるようになったのは、江戸時代になってからであり、味噌は各地の風土・気候を反映されていて、熟成方法などが異なり全国に多様な味噌をもたらした。
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